O casamento com efeito civil é aquele que é celebrado fora das dependências do Cartório, porém quem preside o ato do casamento não é o Juiz e sim a autoridade religiosa, seja ele um Padre, Rabino,  Pastor , etc.

Após a realização da cerimônia, os noivos  recebem um Termo de Casamento, que precisa ser levado ao cartório num prazo de 90 dias (a contar da data da realização da cerimônia) para registrar o casamento.  Caso isso não ocorra, o casamento não fica regularizado no cartório, isto é, os noivos permanecem solteiros.

Nesta modalidade de casamento, os noivos têm que dar entrada ao processo de habilitação para o casamento no cartório, da mesma forma que as outras modalidades. Após 30 dias, não havendo nenhum impedimento legal, o cartório expedirá um documento chamado Certidão de Habilitação, que deverá ser entregue a autoridade religiosa antes da realização da cerimônia.

O casamento religioso com Efeito civil, pode ser realizado em qualquer parte do Brasil, basta os noivos pedirem ao Cartório que deram entrada no casamento, a Certidão de habilitação(documento expedido pelo Cartório, que diz que os noivos estão livres e desempedidos para se casarem), que deverá ser encaminhada à Igreja que realizará a cerimonia, para que possa ser feito o Termo de Religioso com efeito Civil.
Antes de ir ao cartório,  informe-se com a Igreja que irá realizar o casamento,  se permite este tipo de modalidade.

Fonte:http://www.casamentocivil.com.br